Description :

Dans le cadre du SINP, le Muséum national d’Histoire naturelle est en charge de la réalisation du référentiel taxonomique national sur la faune, la flore, la fonge, les algues, les bactéries et les archées de France métropolitaine et d’outre-mer. Ce référentiel est réalisé dans le cadre d’un programme intitulé TAXREF. Il est constitué de données de référence concernant les noms scientifiques associés aux espèces et à leur classification dans le monde vivant. Il constitue une brique essentielle pour la gestion des données de biodiversité spécifique. Le périmètre associé comprend les noms scientifiques cités dans l’ensemble des territoires nationaux, qu’ils soient marins ou terrestres, ainsi que ceux pour lesquels la France possède une nécessité de surveillance (espèces invasives par exemple). La période temporelle s’étend du paléolithique à nos jours.

La connaissance étant par nature évolutive dans le temps, ce référentiel est mis à jour continuellement en se basant sur des publications scientifiques sources et une expertise taxonomique et nomenclaturale. Dans ce cadre, un dispositif qualité est mis en place permettant la bancarisation des informations essentielles associées aux changements taxonomiques et nomenclaturaux. Cette démarche permet d’avoir au sein du référentiel lui-même une informatisation de l’évolution de la connaissance sur la biodiversité spécifique au cours du temps. Le référentiel est versionné annuellement au cours du dernier trimestre.

Le référentiel taxonomique national est aussi consolidé par des liens numériques avec des bases de données internationales spécialisées sur des groupes taxonomiques particuliers. Ceci assure un fort degré de cohérence du référentiel au niveau de la sémantique associée aux taxons et garanti une interopérabilité entre les différents systèmes d’information.

Sémantique des données :

Un nom scientifique est une terminologie donnant une signification scientifique à la classification du vivant, de Biota, taxon regroupant l’ensemble du monde vivant, aux différentes variations au sein d’une espèce. Cette terminologie est cadrée internationalement par trois codes de nomenclatures, respectivement pour (1) la faune, (2) la flore, la fonge et les Algues ainsi que (3) les bactéries et les Archées.

Gouvernance du programme :

Historiquement, le pilotage et la coordination du programme étaient assurés par le MNHN. Aujourd’hui, l’UMS PatriNat est en charge de cette responsabilité. Dans la configuration actuelle du SINP et des recommandations définies dans le cadre des SI fédérateurs de l’Etat, il est nécessaire de mettre un jour le document décrivant cette gouvernance et l’organisation du programme TAXREF. En effet, comme signalé précédemment, ce programme produit et administre des données de référence. Elles sont largement utilisées actuellement, non seulement au sein des SI fédérateurs de l’Etat, mais aussi par de très nombreux acteurs s’impliquant dans la conservation de la biodiversité ainsi que dans la sphère de la recherche scientifique. Ce nouveau contexte nous oblige à faire évoluer notre gouvernance et notre organisation notamment en termes de diffusion. Une première étape a déjà été franchie par la diffusion du référentiel taxonomique national dans un cadre « Linked-Data ». De plus, ce nouveau contexte nous oblige aussi à une nouvelle organisation en termes de services auprès des utilisateurs.

Calendrier :

Premier trimestre 2021 :

• Finalisation de la documentation sur le nouveau cadre de la gouvernance et de l’organisation du programme TAXREF.

Deuxième trimestre 2021 :

• Mise en place de la nouvelle gouvernance du programme.
• Mise à jour de la documentation technique concernant la diffusion du référentiel taxonomique. Mise en place d’une diffusion des données en continue via le web service en action complémentaire au versionnage annuel. Mise en place d’un cadre de service associé à l’impact de l’évolution taxonomique sur les données au sens large.

Troisième trimestre 2021 :

• Data paper sur le référentiel taxonomique.

Quatrième trimestre 2021 :

• Data paper sur l’apport des bases de données internationales pour la complétude du référentiel.

Partenaires du programme:

La mise à jour du référentiel taxonomique national et le suivi de l’évolution des connaissances est réalisé avec un important réseau d’experts nationaux et internationaux. La majorité des experts peuvent être catégorisés comme « amateurs » spécialistes en taxonomie et nomenclature pour un groupe taxonomique donné. Ils font le plus souvent partie de sociétés savantes. Pour la flore, il existe un partenariat privilégié avec des experts appartenant au réseau ces conservatoires botaniques nationaux. Certains de ces experts ont des droits leurs permettant d’agir directement sur le référentiel via un service applicatif dédié (TAXREF-web).

Le programme TAXREF a mis en place des liens importants avec le monde de la recherche notamment au sein du MNHN avec les UMR BOREA et ISYEB ainsi que le département des collections. De plus, dans le cadre de la problématique de l’interopérabilité des données, des projets communs sont menés depuis 2016 avec l’université Côte d’Azur (Franck Michel (CNRS)) sur le « Linked-Data » et le web sémantique.

A l’international, des liens importants ont été mis en place avec les structures qui pilotent des bases de données mondiales. On peut citer ici WORMS pour la gestion d’un référentiel taxonomique concernant le milieu marin et le GBIF pour la gestion de son « backbone » qui est un catalogue de noms scientifiques cités.

En savoir plus:

Consulter la page dédiée à TAXREF sur l’INPN

Télécharger les différentes versions de TAXREF

Consulter le guide méthodologique TAXREF

En savoir plus sur TAXREF-LD: the French Linked Data Taxonomic Registery