Le SINP Auvergne-Rhône-Alpes est aujourd’hui constitué de deux pôles taxonomiques : le pôle flore habitats fonge confié aux Conservatoires botaniques nationaux Alpin et du Massif Central et le pôle Invertébrés confié à l’association Flavia APE. Chacun de ces pôles dispose d’une charte spécifique, la dernière en date reprenant strictement le protocole 2017 du SINP. Ce dispositif a fait l’objet de l’habilitation SINP en 2020.
Le troisième Pôle, pour les Vertébrés, est en cours de constitution, confié à la LPO pour le réseau naturaliste et à la Fédération régionale des chasseurs pour le réseau usagers de la nature. Depuis juin 2021, les données du réseau naturaliste sont partagées dans la plateforme régionale unique.
Le dispositif SINP est piloté par la DREAL et s’inscrit dans le projet d’Observatoire régional de la biodiversité copiloté par l’État/Région en lien étroit avec l’OFB.